清代初期，因东南沿海尚未平定，于清顺治十二年(1655年)重申“海禁”，大部分对外贸易活动限于广州、澳门。平定台湾后，为照顾沿海百姓生计，于康熙二十三年(1684年)重开“海禁”，设置粤海关、浙海关、闽海关和江海关，将主管海运贸易的市舶使改为海关监督[1]。当时粤海关为大关，其他关为子关，海关监督衙门设在广州，首任海关监督为满人宜尔格图[2].乾隆二十二年(1757年)，规定广州为中国唯一对外通商口岸，且严格限制外商的居住范围和行动自由[3]。道光二十二年(1842年)，清政府与英国签订了第一个不平等条约———《江宁条约》(又称中英《南京条约》)，被迫开放广州、福州、厦门、宁波、上海等五港为对外通商口岸，割让香港给英国。
　　咸丰四年(1854年)，两江总督怡良授权上海道兼海关监督吴健彰会同驻上海英国领事阿礼国(R．Alcock)、美国领事马辉(H．Murphy)和法国代理领事伊丹(B．Edan)，商定了由英、美、法三国驻上海领事各提名一人，帮办上海海关关务，称税务监督；还商定海关监督所印发的一切文书，如无外籍税务委员签署，不生效力。这三名税务监督是：英国的威妥玛(T．F．Wade)、美国的喀尔(L．Carr)和法国的史密斯(A．Smith)。由这三人组成的关税管理委员会，于咸丰四年六月二十八日(1854年7月12日)正式成立。这是新制海关的起源[4]，也是中国海关受外国人操纵的开始。但这种管理方式当时仅限于上海。这种新制海关，清政府委派的海关监督名义上是海关主管，实际上由英、美、法三国操纵的关税管理委员会总揽有关外轮进出口贸易的关税及其它管理大权。
　　咸丰八年(1858年)中英《通商章程善后条约：海关税则》(又称中英《天津条约》的补充条款)，第十款写上了关于海关任用洋员一事，“任凭(清朝)总理大臣邀请英(美、法)人帮办税务，……并严查漏税，判定界口，派人指泊船只及分设浮桩、号船、塔表、望楼等事，……[5]”，并将上海新制海关的管理方式推广到全国。从此，有关航道、航政管理，对外通商港口、航道的航标建设与维护，以及船钞费征收等，纳入了海关工作的范围。
　　咸丰九年(1859年)，清政府任命英国人李泰国(H．N．Lay)为首任总税务司，统领全国新关。