1937年7月，日本发动侵华战争。这一年，北平、天津、上海、南京相继沦陷，次年武汉、广州亦被日军占领。海关总税务司梅乐和留在上海， 日籍关长及内外勤关员大量增加，沦陷区航标仍由海关管理，实际上已受侵华日军控制。1938年5月，英国政府竟擅权国民政府与日本非法签订《海关协定》，其中规定“凡在日军占领区域内务口岸海关所收入之税款，概存于横滨正金银行”。1939年8月10日，日伪南京当局在绥靖部下设水路局，负责处理水道图志和航道标志，协同侵华日本海军管理沦陷区沿海及长江的助航设施。
　　抗日战争开始不久，“海星”号灯塔运输船被日军炸沉。之后，“福星”等12艘大、中型缉私舰和灯塔运输船为日本侵华海军占用，改装成炮艇或军事运输船，仅留理“流星”、“海光”、“v徵”等三艘灯塔运输船也在二战后期被盟军飞机炸沉。
　　1941年12月，日本发动太平洋战争，对英、美等国宣战，梅乐和被日军关押，沦陷区的海关直接由日本侵略者管制。
　　广州沦陷后，航标仍由粤海关管理，直至太平洋战争爆发才由侵华日军。但此后工作基本上处于瘫痪状态。
　　第二次世界大战末期，盟军大举反攻，为阻止日军海上运输，美军飞机对朝连岛、佘山、大戢山、小板山<小龟山)、东亭山、北渔山、冬瓜屿、牛山岛和乌丘屿等灯塔轰炸扫射，大戢山灯塔和小板山灯塔破坏最严重。自1937年7月日本发动全面侵华战争至1945年8月日本战败投降，中国沿海78座灯塔(船)有36座毁(或损)于战火，其中属海关管理的56座灯塔有24座被毁(或损)。
　　二、抗日战争胜利后沿海航标的恢复工作
　　抗日战争胜利后，美国人水佩尔(F．L．Sabel)任海务巡工司，英国人爱弗斯(R．G．Everest)任额外海务巡工司，中国船长王承训和陈念慈任代理副海务巡工司(王承训于1947年任副海务巡工司)。海务科负责行政管理部门和总工程师室，设秘书、会计、灯务、海图、验船、军械、材料等部门。当时，陈有仁任代理总工程师(1947年任总工程师)，他从南到北(除香港、澳门和旅顺地区外)包括台湾和湛江地区，实地调查沿海灯塔的工作状况，曾写了一份“关于恢复中国沿海损坏灯塔的建议”书，由于国民党政府热衷内战，未能全部依照进行。 
　　抗战胜利后，海关通过联合国善后救济总署，以租借法案及剩余物资处理等渠道，从美国买进代号为“AN”的港口防潜布网船、“A”字号扫雷舰、“Y”字号港湾扫雷艇和其他一批舰艇。这批舰艇稍加改装后作为灯塔运输船和缉私舰投入使用。担任这批舰船的高级船员除海关税务专门学校海事班毕业生外，还招考了海军航海专业的学生加以培训担任。在太平洋战争时被侵华日军关押在集中营的英、美籍海关船员和部分西欧籍船员，仍聘任为灯塔运输船和缉私舰的高级船员。
　　1946年，经海关总税务司批准，海务科从美国购买了一批直径2．4米钢质浮标及蓄电池，200、375毫米电闪灯及爱迪生电池，配布在长江口至南通航段和上海黄浦江，其电气部份也用于恢复二战中遭破坏的部分灯塔。这是中国向航标电气化迈出的第一步。
　　抗战胜利后，海关海务科曾用了近两年时间，恢复了一些重要的航标，但原制定的七年(1948～1955)航标工作计划未能实现。
　　在修复灯塔过程中，对一些被破坏的一、二等大型牛眼透镜，因一时无法添置，暂用五等电气灯代替。有些灯塔毁损严重，直到全国解放前尚未恢复。